Su construcción data de 1510-12, por merced de D. Pedro Fernández de Córdoba, primer Marqués de Priego, bajo la advocación de San Esteban, que no fue terminado hasta 1548-48. Es un templo gótico tardío o mudéjar, remodelado en el siglo XVIII en estilo barroco, a cargo de Jerónimo Sánchez de Rueda y posteriormente Juan de Dios Santaella. Del templo original prácticamente solo queda la plantas de salón. Las obras de reforma comenzaron en 1712 y en ella se quiso aplicar el mismo tratamiento que se había efectuado en la iglesia de la Asunción: bóvedas de arista, cúpulas gallonadas y profusa decoración de yeserías barrocas.

      El retablo mayor realizado por Juan de Dios Santaella fue terminado en 1781. Consta de un banco, un primer cuerpo donde se sitúan las hornacinas de los santos franciscanos y el camarín en el centro, en el que destaca la imagen de la Inmaculada que se relaciona con el círculo de los Mora. El conjunto se termina con un ático curvo, con hornacina central que contiene la imagen de San Esteban. La talla que lo recubre es plenamente rococó.

      La Capilla de Jesús Nazareno es una de las joyas del barroco prieguense. Iniciada en 1731 por Jerónimo Sánchez de Rueda y Juan de Dios Santaella. Su planta es hexagonal y configura su alzado grandes hornacinas, una balconada y sobre ésta ventanales que dotan del luz al conjunto. Las yeserías se encuentran doradas. El retablo se realizó en varias fases, sobre el tabernáculo primitivo, por Santaella hacia 1760. El segundo cuerpo se realizó en 1790, siendo su autor Francisco Javier Pedrajas. Destaca en el centro el medallón de la coronación de espinas, que se cree obra de Remigio del Mármol. El camarín, de plante octogonal y cúpula gallonada con ventanas es obra de Pedrajas de 1788. En 1928 sufrió una reforma, obra del escultor Garnelo, que consistió en recubrirlo de mármoles, esculturas y relieves, quedando del proyecto original la decoración de la cúpula. En éste se venera la imagen de Jesús de Nazareno que se atribuye al granadino Pablo de Rojas, en 1592. Es de talla completa aunque vestida en el siglo XVIII, época en la que se le colocó una peluca de pelo natural para aumentar el realismo. A ambos lados del retablo se encuentran dos hornacinas con la Virgen de los dolores y San Juan evangelista, talla del círculo de Pablo de Rojas de hacia 1600. También en el retablo se conservan dos obras de José Risueño: San Juanito y el Niño Jesús de la Pasión.

      La Capilla de Jesús en la Columna es de planta rectangular con bóveda de cañón. Estaba acabada en 1679. Tuvo un retablo de principios del XVIII atribuido a Sánchez de Rueda, posteriormente se sustituyó por uno neoclásico, hasta que en 1942 se construyó otro barroco inspirado en el pequeño de San Francisco que posee esta capilla. El camarín, obra de este siglo, acoge la imagen de Jesús en la Columna, atribuida a Alonso de Mena, de hacia 1640. Tiene varias imágenes de gran interés como la de San Francisco Solano de José de Mora y otras atribuidas a José Risueño.